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蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析

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項(xiàng)目介紹

在蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中，連通性高的區(qū)域（模塊）可能經(jīng)常代表著蛋白復(fù)合物或某些功能通路的組成部分，這些模塊可用于預(yù)測(cè)實(shí)驗(yàn)關(guān)鍵調(diào)節(jié)生物過程或核心蛋白簇。

分析方法

通過與STRING蛋白網(wǎng)絡(luò)互作數(shù)據(jù)庫比對(duì)后，提取confidence score > 0.7（high confidence）的蛋白集合互作關(guān)系，用Cytoscape軟件對(duì)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化。然后使用MCODE插件挖掘網(wǎng)絡(luò)中具有高連通性的模塊，進(jìn)而對(duì)模塊中的蛋白進(jìn)行功能富集分析，標(biāo)記出每個(gè)模塊可能參與的關(guān)鍵生物過程。

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